建筑企业在成本列支上主要存在两大问题：

（一）缺少税前扣除凭证，如对发生的材料、机械以及人工等成本费用，没有及时取得增值税发票或工人工资表等合法扣除凭证，违反企业所得税税前扣除凭证管理的规定;

建筑企业税前扣除凭证缺失的原因主要有：

①、建筑企业工程周期长、通常会大量雇佣合同工和临时工，对一些零散的人工费用、分包费用，部分情况下未能及时取得合法有效的税前扣除凭证，但同时又将相应的支出违规进行税前扣除，容易产生涉税风险。

②、部分公司以“挂靠”经营为主，容易造成施工企业和公司财务管理脱节，甚至部分公司为了扩大经营规模，降低了挂靠的要求，以“成本费用无需取得进项发票”的条件来吸引其他单位或者个人挂靠，导致企业所得税税前扣除凭证严重缺失。

③、二级资质以上的建筑企业以总承包方式承揽项目为主，由于总包项目公司在经营管理上存在着一定的主动权，发票取票率较高，而三级资质的公司以分包项目为主，分包项目取票率普遍较低，同时，因业务结构不同也存在差异的影响，如一般计税项目在取得增值税专用发票的情况下，可以抵扣进项税额，在降低增值税税负，同时也可以规范成本支出，成本列支相对规范。但是简易计税项目由于无法抵扣进项，因此，部分建筑企业对进项发票的要求就降低，导致缺少成本费用扣除凭证。

根据《中华人民共和国企业所得税法》第八条：“企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除”。同时，《企业所得税税前扣除凭证管理办法》(国家税务总局公告2018年第28号)企业在境内发生的支出项目属于增值税应税项目的，对方为已办理税务登记的增值税纳税人，其支出以发票作为税前扣除凭证。

因此，对于建筑企业而言，其工程施工购买的建筑材料、机械租赁或者购入的即用机械，都应依法取得增值税进项发票，而劳务用工的部分，可以通过劳务分包取得增值税发票或者凭真实、合法的工资凭据作为企业所得税税前扣除凭证。

此外，建筑企业应当取得而未取得发票、其他外部凭证或者取得不合规发票、不合规其他外部凭证的，若支出真实且已实际发生，应当在当年度汇算清缴期结束前，要求对方补开、换开发票、其他外部凭证。补开、换开后的发票、其他外部凭证符合规定的，可以作为税前扣除凭证。

在实务中，建筑企业还存在一些特殊的客观情形，导致无法取得增值税进项发票的情形，根据国家税务总局公告2018年第28号公告第14条的规定，企业在补开、换开发票、其他外部凭证过程中，因特殊原因无法补开、换开发票其他外部凭证的，可凭以下资料证实支出真实性后，其支出允许税前扣除:

①无法补开、换开发票、其他外部凭证原因的证明资料(包括工商注销、机构撤销、列入非正常经营户、破产公告等证明资料);

②相关业务活动的合同或者协议;

③采用非现金方式支付的付款凭证;

④货物运输的证明资料;

⑤货物入库、出库内部凭证;

⑥企业会计核算记录以及其他资料。

其中，第一项至第三项为必备资料。

（二）虚构主营业务成本，在缺乏成本费用发票的情况下，通过取得与实际生产经营不相关的发票，虚构项目成本的行为，同时，也会涉及到虚抵增值税进项税额的问题。

建筑企业容易通过取得高风险货物，以此来虚构主营业务成本，在财务审核把关不严的情况下，会出现获取违规的发票入账的情形，比较常见的高风险货物：

第一类是行业富余发票，例如散装水泥、钢筋、装修材料、电线电缆、汽柴油等成品油发票，这类发票上游供应企业存在无票销售的情形，属于与实际生产经营不符的发票;

第二类是其他类型的发票，如沥青、轻质循环油等油质品发票以及模板、胶合板、木方等木制品发票。如部分建筑工地在使用机械设备过程中，实际使用的是柴油，但供应商开具的发票却是轻质循环油，属于建筑企业取得不合规的发票情形。

建筑企业在收到上游供应商开具的不合规发票，应及时补开、换开符合规定的发票，无法补开的，应及时在企业所得税汇算清缴申报中作纳税调整。

政策依据：根据(国家税务总局公告2018年第28号)相关规定，汇算清缴期结束后，税务机关发现企业应当取得而未取得发票、其他外部凭证或者取得不合规发票、不合规其他外部凭证并且告知企业的，企业应当自被告知之日起60日内补开、换开符合规定的发票、其他外部凭证，并且未能按照上述客观情形(28号公告第14条)规定提供相关资料证实其支出真实性的，相应支出不得在发生年度税前扣除。

建筑企业在享受研发费用加计扣除政策时，要注意以下三个方面的事项：

1、边施工边研发，材料费用应该“剔除”

研发过程中直接形成产品或作为组成部分形成的产品并对外销售的，研发费用中对应的材料费用不得加计扣除。材料费用应按纳税年度进行冲减‌。

政策依据：根据《国家税务总局关于研发费用税前加计扣除归集范围有关问题的公告》(国家税务总局公告2017年第40号)相关规定，企业研发活动直接形成产品或作为组成部分形成的产品并对外销售的，研发费用中对应的材料费用不得加计扣除。

2、“湿租”仪器设备，租赁支出应该“剔除”

在实务中，建筑企业多以“湿租”方式租赁设备，如果建筑企业在租赁设备用于研发并且配备操作人员的，该设备租赁属于“建筑服务”，不是“经营租赁”，不能享受研发费用加计扣除政策。

政策依据：根据《财政部 国家税务总局 科学技术部关于完善研究开发费用税前加计扣除政策的通知》(财税〔2015〕119号)相关规定，用于研发活动的仪器、设备的运行维护、调整、检验、维修等费用，以及通过经营租赁方式租入的用于研发活动的仪器、设备租赁费。

3、是研发过程中取得下脚料、残次品收入，应该“扣减”

在实务中，建筑企业研发过程中，可能会产生的废弃钢材、五金配件等下脚料销售收入，这些销售收入也要从研发费用中进行扣减。

政策依据：根据《国家税务总局关于研发费用税前加计扣除归集范围有关问题的公告》(国家税务总局公告2017年第40号)相关规定，企业取得研发过程中形成的下脚料、残次品、中间试制品等特殊收入，在计算确认收入当年的加计扣除研发费用时，应从已归集研发费用中扣减该特殊收入，不足扣减的，加计扣除研发费用按零计算。